Professor de Processo Penal, com ampla atuação em Juizados Especiais Criminais, Direito Penal e Presunção de Inocência, Antonio Magalhães Gomes Filho assumiu a diretoria da Faculdade de Direito da USP em 2010 para um mandato de quatro anos.
Também foi na Faculdade do Largo de São Francisco onde graduou-se em 1970, fez mestrado (1982) e doutorado (1989). Iniciou a Livre Docência, em 1995. Conquistou a titularidade da cadeira de Direto Processual Penal, em 2001.
Na área de sua especialidade, possui sete livros publicados, com o total de 14 edições, sendo também autor de inúmeros capítulos de livros, artigos doutrinários e pareceres jurídicos publicados no Brasil e no exterior. Para além, participou em comissões de elaboração legislativa, como a que redigiu o anteprojeto da Lei dos Juizados Especiais Criminais (Lei 9.099/95), a do Ministério da Justiça responsável pelas propostas das leis da reforma processual-penal de 2008, e ainda, a instituída pelo Senado Federal para o anteprojeto do novo Código de Processo Penal. Pela ampla contribuição para o País, recebeu inúmeras homenagens.
Em seu discurso de posse, demonstrou não apenas sua ligação com a história da Academia, mas a propensão para futuro: “Ao assumir a direção desta Faculdade para um mandato que vai até o ano de 2014, não posso pensar senão no presente e no futuro, sem que isso possa ser confundido com desprezo pelos valores do nosso glorioso passado. Creio que é hora de pensar na São Francisco do seu bicentenário, em 2027, que não está tão distante”.